Japan Airlines (JL), de grootste luchtvaartmaatschappij van het land, heeft zijn hoofdkantoor in Tokio. De maatschappij vliegt non-stop naar ongeveer 60 binnenlandse bestemmingen en meer dan 30 internationale bestemmingen in Azië, Europa, Oceanië, Noord-Amerika en Zuid-Amerika. JL maakt deel uit van de Oneworld-alliantie en heeft ook codeshare-overeenkomsten met ongeveer 30 andere luchtvaartmaatschappijen. De luchtvaartmaatschappij heeft vier klassen: First Class, Executive Class (het equivalent van Business Class), Premium Economy Class, Class J (Economy Class-zitplaatsen met grotere zetels) en Economy Class. De vloot beschikt over een verscheidenheid van indelingen met twee, drie of vier cabines. Primaire hubs van Japan Airlines bevinden zich op Haneda Airport Tokio (HND) en de internationale luchthaven Narita (NRT).